命令列介面可以透過批次腳本或更高階的應用，利用PDF-Shell Tools的功能進行自動化或執行複雜或重複性的工作。
這個介面是由 PDFShellTools.exe 提供，位於此工具程式的安裝資料夾中。若執行時沒有指定參數，會列出所有支援的函式名稱。基本的命列列語法如下：
PDFShellTools.exe function_name /? 取得函式用法的說明
PDFShellTools.exe function_name function_parameters 執行函式
範例如下:
"C:\Program Files\PDF-ShellTools\PDFShellTools.exe" Merge "C:\My docs\File1.pdf;C:\My Docs\File2.pdf"
注意：
- 當引數內容有空白時，請於前後使用雙引號 ( " )，例如："parameter=some spaced text"。
- 當引數內容有雙引號 ( " )時，需在該雙引號前使用反斜線，避免程式誤判，例如："parameter=some \"quoted text\""
- 當引數內容以反斜線結尾，且因為內容有空格而需要雙引號時，此反斜線需重複一次，避免系統誤判，例如："parameter=C:\My Documents\\"
- 請使用分號 ( ; )來區隔不同檔案，例如：file1.pdf;file2.pdf;file3.pdf
- 支援使用萬用字元 ( *? ) 來指定檔案，例如：c*.pdf;Img??9.pdf
所有參數都可以用外部檔案輸入，方法為使用此參數："ParamFile=參數檔案的完整路徑"。當參數長度超過命令列的最多字元時，便可派上用場。
C:\Program Files\PDF-ShellTools\PDFShellTools.exe Merge "ParamFile=C:\Temp\Param.txt"。